本縣原住民族分布幅員遼闊，為有效統合縣政資源，提供優質完善的教育資源。現階段本縣中心主任為陳惠美校長，負責相關業務的執行，底下分為教學組、研發組、推廣組，並邀請原住民重點學校的校長、主任與老師協助中心服務工作，另聘陳枝烈退休教授、陳再興退休校長及屏東大學呂美琴教授擔任諮詢委員， 提供原住民族教育實務與理論上的專業建議。