本縣原住民族分布幅員遼闊，為有效統合縣政資源，提供優質完善的教育資源，本中心由潘孟安縣長擔任召集人，教育處江國樑處長、原民處顏成仁處長擔任副召集人，由教育處楊英雪副處長擔任執行秘書、學務科吳佩珊科長擔任總幹事統籌並督考本中心相關業務，另聘請有榮譽督學陳再興校長、屏東大學周明傑教授、郭東雄教授擔任諮詢委員，提供原住民族教育實務與理論上的專業建議。目前中心主任為楊美蓮主任，負責相關業務的執行，底下分為行政組、教學組、研發組、推廣組，邀請原住民重點學校的校長、主任與老師協助中心服務工作。

依據原住民族教育法第19條 ，地方政府應設立任務編組性質之原住民族教育資源中心，辦理原住民族教育課程、教材與教學方法之研發及推廣，並協助其主管之學校，發展符合當地原住民族之民族教育課程規劃與評量方式，及其他原住民族教育事務。條綜觀本縣原住民族教育現況，無論是在各學習階段，都緊扣著文化的傳承及語言的復振，因此在這既有的良好基礎下，本縣依據整體縣政的願景、盤點現況資源，成立原住民教育資源中心，辦理原住民族教育課程、教材與教學方法的研發及推廣事務，並協助本縣及所屬學校完善原住民族教育學習事項，建構完整原住民族教育支援系統，打造「以人為本」的原住民族教育圖像。